San Fruttuoso una bellissima baia raggiungibile esclusivamente a piedi o in battello, conta appena 50 residenti. Si trovano, una piccola spiaggia, l'Abbazia, la Chiesa, la Torre dei Doria e al largo il famoso Cristo degli Abissi.
Capodimonte fino ai tempi più antichi veniva segnalata sulle mappe dei naviganti come prezioso punto di rifornimento. Era infatti presente (attiva tuttora) una sorgente di acqua dolce.
Le navi romane che uscivano da Portofino (Portum Delphini), si fermavano a Capodimonte per rifornirsi di acqua e come loro venivano attirati da questa disponibilità tutti i naviganti dell'alto tirreno.
Fu probabilmente per questo motivo che si diffuse la leggenda di un Drago a guardia della sorgente, per cercare di allontanare i concorrenti.
Agli inizi del III secolo il cristianesimo è esteso in tutta la Spagna. Le persecuzioni iniziarono intorno alla metà del secolo quando viene eletto Imperatore Decio, che per garantirsi l'appoggio dei senatori legati profondamente alla tradizione pagana impone a tutti i sudditi dell'impero di rinnegare Cristo e abbracciare il paganesimo.
Fruttuoso, vescovo di Tarragona, venne arrestato e condannato al rogo insieme ai Diaconi Eulogio ed Augurio il 16 gennaio del 259, per non aver accettato le decisioni dell'Imperatore Decio.
Vi sono tre diverse ipotesi sulla data del trasferimento delle reliquie in Liguria.
La prima ipotesi è che le spoglie dei tre martiri siano state trasferite tre anni dopo, nel 262.
La seconda ipotesi vuole che la data si sposti al 409, quando la Spagna viene invasa dai vandali e migliaia di spagnoli cercano la salvezza emigrando in Liguria e in Provenza.
La terza ed ultima ipotesi posticipa la data al 711, per sfuggire questa volta, alle persecuzioni degli Arabi.
L'urna contenente le ceneri del Vescovo e dei suoi Diaconi venne portata in Liguria, ai piedi del monte di Portofino nella baia di Capodimonte.
Si pensa che probabilmente i profughi di Tarragona trovarono una edificazione di epoca romana abbandonata. I religiosi costruirono una cappella sopra la sorgente che assume un significato sacro.
Intorno all'anno mille, sulle arcate che poggiano sulla spiaggia inizia la costruzione della chiesa con il campanile ottagonale ed il chiostro. In seguito vennero costruiti, il refettorio, la sala capitolare ed il dormitorio.
La fama dei martiri spagnoli si diffuse, ed i marinai arrivavano da ogni parte dei mari, per portare nella chiesa ori, marmi, ed altri oggetti preziosi.
Un giorno gettarono l’ancora a San Fruttuoso i vascelli dei pirati Saraceni, che saccheggiarono la chiesa e distrussero colonne, capitelli, altari e tutto ciò che trovarono. Iniziò quindi il lungo lavoro di ricostruzione.
Nel 1200, la famiglia dei Doria, una nobile famiglia Genovese, costruì la parte della chiesa che affaccia sul mare, non più in stile romanico ma gotico.
Le tombe degli esponenti della famiglia Doria vengono accolte nel locale adiacente al chiostro.
Dal 1500, furono molte le flotte di corsari, che spiegano le vele da turchia e nord Africa, per depredare navi e città, per questo vennero costruite torri lungo tutta la costa ligure.
Andrea Doria non volle lasciare l'Abbazia esposta agli attacchi dei pirati, fece cosi costruire una grande torre a difesa della baia.
Nel 1954 al largo della baia viene immersa la statua del cristo degli abissi.
L'abbazia di San Fruttuoso venne donata dalla famiglia Doria nel 1983, al Fondo per l'Ambiente Italiano.